Ο θεμέλιος λίθος του Ιερού Ναού τέθηκε στις 25 Μαρτίου του 1862 από τον αρχιερέα Διονύσιο Χαριτωνιάδη μετέπειτα Οικουμενικό Πατριάρχη.

Τα σχέδια του ναού έγιναν από τον Ηπειρώτη αρχιτέκτονα Αθανάσιο Μούση.

Η έκρηξη της Κρητικής επανάστασης το 1866 οδήγησε στην άμεση διακοπή των εργασιών, που συνεχίστηκαν το 1883 και ολοκληρώθηκαν το 1895. Για το κτίσιμο του ναού πολλοί Ηρακλειώτες προσέφεραν χρηματικά ποσά, ενώ όσοι αδυνατούσαν, προσέφεραν προσωπική εργασία. Η δαπάνη ανέγερσης ανήλθε στις 30 χιλιάδες λίρες χωρίς την προσωπική εργασία των Χριστιανών.

Τα εγκαίνια έγιναν με κάθε μεγαλοπρέπεια στις 16 Απριλίου 1895, Κυριακή των Μυροφόρων, από τον Κρήτης Τιμόθεο Καστρινογιαννάκη.

«Αμφιβάλλομεν αν άλλοτε ποτέ το Ηράκλειον είδε θρησκευτικήν πανήγυριν ούτω λαμπράν και επιβάλλουσαν οία υπήρξεν επί τοις εγκαινίοις του νεοδμήτου Καθεδρικού Ναού του Αγ. Μηνά. Άπειρον ήτο το πλήθος το πανταχόθεν της νήσου συρρεύσαν, πρωτοφανής δε η γενόμενη διακόσμησις της ημετέρας πόλεως. Ο ενθουσιασμός των πανηγυρισμών ήτο απερίγραπτος» όπως περιγράφεται χαρακτηριστικά σε αναφορά της εποχής".

Γιορτάζει στις 11 Νοεμβρίου και η μέρα είναι αργία για το Ηράκλειο.

«...Πέρασα κάθετα τη λεωφόρο Καλοκαιρινού και έφτασα στο Μητροπολιτικό Ναό του Αγίου Μηνά. Η μεγάλη αυτή εκκλησία στεκότανε όρθια, χωρίς σχεδόν ζημιές, με μερικά μόνο τζάμια σπασμένα. Μια βόμβα είχε σκάσει στην αυλή δίπλα στη νοτιοδυτική γωνιά του Ναού και έκανε μόνο ένα μικρό λάκκο. Μια άλλη μεγάλη βόμβα ήταν πεσμένη δίπλα στη βορειοδυτική γωνιά της εκκλησίας, σ' απόσταση ούτε ένα μέτρο από τον τοίχο και βρισκότανε ακόμη εκεί, χωρίς να έχει εκραγεί. Θα ήταν πάνω από 250 κιλά. Μπήκα στην εκκλησία κι άναψα ένα κερί. Σκεφτόμουνα την καταστροφή που θα γινότανε, αν η βόμβα αυτή είχε σκάσει. Είδα τον καντηλανάφτη και τον ρώτησα αν είχε πάθει ζημιές η εκκλησία. Μου απάντησε πως ο Άγιος Μηνάς έκανε πάλι το θαύμα του και γι' αυτό σχεδόν δεν υπήρχαν ζημιές».

(Λευτέρη Π. Μαλαγαρδή, Αρμαγεδδών, Αθήνα 1982, σελ. 99)

Πηγή: Δήμος Ηρακλείου, Φωτογραφίες: Περιφέρεια Κρήτης