Η συγκρότηση του Αρχείου Καζαντζάκη ξεκίνησε το 1976 από τον ιδρυτή του μουσείου Γιώργο Ανεμογιάννη. Οι συλλογές εμπλουτίστηκαν καθοριστικά από τη δωρεά σημαντικού μέρους του προσωπικού αρχείου του συγγραφέα από τη σύζυγό του Ελένη Σαμίου-Καζαντζάκη. Επιπλέον, πλήθος ιδιωτών συνέβαλε σημαντικά στη διεύρυνση του αρχείου με τις δωρεές του. Πρόκειται για ένα εξαιρετικά πλούσιο, ενεργό και ανοιχτό αρχείο που αδιάλειπτα από την ίδρυση του μουσείου ως σήμερα, εμπλουτίζει τις συλλογές του με νέα τεκμήρια τα οποία συντηρεί, διαφυλάσσει και αναδεικνύει. Σήμερα αριθμεί περί τα 50.000 αντικείμενα και έγγραφα ταξινομημένα σε δέκα συλλογές ανάλογα της μορφής και του περιεχομένου τους.

Ο Γιώργος Ανεμογιάννης κληροδότησε στο μουσείο και το προσωπικό του αρχείο. Πρόκειται για ένα από τα αρτιότερα οργανωμένα θεατρικά αρχεία της Ελλάδας αλλά και παγκόσμια, περιλαμβάνει: θεατρικές μελέτες τετρακοσίων και πλέον παραστάσεων, ζωγραφικά σχέδια, τρισδιάστατες μακέτες σκηνικών και κοστουμιών, δημοσιεύματα Τύπου, φωτογραφικό υλικό, αλληλογραφία, έγγραφα, σημειωματάρια, βιβλία, προσωπικά αντικείμενα.